Лиричная волшебница Наноха

История повествует о Нанохе Такамачи, юной девочке, которая живет обычной жизнью вместе с семьей: родителями, старшим братом и сестрой. Однажды ее повседневность прерывается, когда она спасает раненого говорящего горностая, который оказывается магом из параллельной вселенной по имени Юно Скрая. Юно, археолог, прибыл на Землю с миссией собрать двадцать одно древнее и опасное «Драгоценное Семя», артефакты, которые даруют сверхъестественные силы тем, кто с ними контактирует, часто превращая их в монстров.

После того как Юно был ранен одним из таких монстров, он вынужден положиться на помощь Нанохи, временно приняв форму горностая. Он передает ей волшебную палочку «Raising Heart», которая является «Интеллектуальным Устройством», способным управлять магией. Неожиданно для обоих Наноха демонстрирует выдающиеся магические способности, и они начинают вместе бороться с монстрами и собирать Драгоценные Семена.

Однако, они не одиноки в своей охоте. В мире Нанохи начинают появляться другие искатели Драгоценных Семян, и их пути неизбежно пересекутся. Так начинается непростая миссия, в которой дружба и магическая сила станут ключом к успеху в противостоянии с темнотой, которую несут с собой эти древние артефакты.