Молодая тайваньская ассасин, известная под кодовым именем Стеклянное Сердце, совершает самоубийство, прыгнув с высокой крыши. Однако её падение оканчивается не на асфальте, а на металлическом заборе, что приводит к серьёзной травме сердца. Спасённая благодаря трансплантации органа, девушка оказывается в коме, где её подсознание погружает в странные сны, которые впоследствии приводят её в Японию.
В поисках донора своего нового сердца, девушка направляется к Каори Макимуре, бывшей партнёрше знаменитого охотника за головами Рё Саэбы. История разворачивается в параллельной вселенной, где персонажи из "Городского охотника" существуют, но их предыстория и связи с оригинальным сюжетом полностью изменены. Таким образом, "Сердце ангела" использует лишь образы героев, не продолжая их историю.
Автор первого тома танкобона подчёркивает, что его работа не является прямым продолжением "Городского охотника", а лишь экспериментирует с его персонажами в новом контексте. Это позволяет зрителям насладиться знакомыми образами в совершенно новом свете, исследуя их жизни и судьбы в изменённом мире, где каждый шаг может привести к неожиданным последствиям.